La notizia più antica riguardante la chiesa è del 1058: nell'atrio di dirime una lite tra Giovanni, sacerdote di San Matteo e San Tommaso, e Leone di Atrani. Nel maggio 1087 con diploma del duca di Ruggiero la chiesa viene concessa al Monastero di Cava. E' ricostruita nel 1172 da Roberto Guarna, fratello dell'arcivescovo Romualdo II. Nel 1349 il Monastero di Cava cede il diritto di patronato sulla chiesa. E' parrocchia dal 1503 fino al 27 aprile 1857, quando Mons. Paglia la trasferisce dalla chiesetta di San Gregorio magno in via Mercanti al Duomo, in quanto è la prima e più importante di tutte le chiese dell'Arcidiocesi di Salerno. Tre anni più tardi è dichiarata succursale di San Matteo. Il parroco rimane di fatto nell'antica chiesa e vi amministra tutti i sacramenti ad eccezione del Battesimo, svolgendovi le funzioni parrocchiali fino al luglio 1939, quando viene definitivamente trasferita nel Duomo.

Oggi è sede del Centro Studi e Documentazione della Scuola Medica Salernitana e del Museo Didattico della stessa. Viene illustrata con pannelli esplicativi l'attività della scuola nei secoli XI, XII e XIII, periodi di maggior splendore. Sono esposti, in otto sezioni, documenti ed iconografie riguardanti l'evoluzione degli studi salernitani secondo le varie branche del sapere medico. Pannelli luminosi espongono numerose miniature, tratte da manoscritti anche non salernitani, sai medievali che di epoche successive, per evidenziare metodi e teorie mediche.