La chiesa è caratterizzata da un impianto tipologico ascrivibile al X - XI secolo costituito da uno schema basilicale a tre absidi rivolte verso oriente e a tre navate. Il lato nord della chiesa è leggermente maggiore di quello a sud, per cui risulta lievemente inclinata. Una lieve pendenza si ha anche tra la quota d'ingresso e l'abside. Le navate sono scandite da colonne di spoglio su cui si poggiano archi a tutto sesto in muratura listata su cui corre un cornicione in tufo giallo. Nella nicchia rettangolare a sinistra vi è un Crocifisso ligneo del XVIII secolo. Sottostanti l'altare di destra vi sono affreschi del XVI -XVII secolo. Assieme alle colonne, di grande interesse, perché originario è il muro nord della navata laterale che prospetta su via Mercanti: presenta la muratura originale di epoca romanica, scandite da monofore. La chiesa perde la sua configurazione originaria, perché chiusa entro una nuova veste;

nel 1928 il Comune realizza una nuova facciata, in stile accademico, mediante la creazione di un corpo porticato che si sovrappone ad essa e che ripropone lo schema interno delle tre absidi. Prima di questo periodo, nel 1879, la chiesa di Santa Maria della Pietà perde il suo nome ed assume il titolo di SS. Crocifisso, allorquando vi viene trasferita, temporaneamente, la parrocchia di San Benedetto, chiusa dai militari. Con la parrocchia di S.Benedetto viene trasferito anche il Crocifisso ligneo ascritto a Pietro Barliario. Ancora oggi la chiesa ha mantenuto tale dominazione.

In seguito ai danni arrecati dall'alluvione del 1954, si procede ad operazioni di intervento e di consolidamento della chiesa a cui viene restituita l'immagine originale in stile romanico. Viene, peraltro, creata una nuova facciata che ingloba, entro il perimetro della chiesa, il porticato novecentesco e sulla cui destra viene impiantato il campanile. IL tutto in falso stile neoromanico.

Situata al di sotto della chiesa, la cripta viene ufficialmente scoperta nel 1950, ma che già nel 1927 Michele de Angelis aveva dato notizia. Fino a quel momento veniva usata dalle monache del convento come sepolcreto. E' anch'essa come la chiesa superiore, a pianta basilicale, con tre piccole navate separate da archi con volte a crociera, e culminanti in tre absidi rivolte ad oriente. Gli archi poggiano su pilastri inglobanti antiche colonne di spoglio. Sul lato nord vi sono delle monofore.

E' molto probabile che la cripta sia anteriore alla chiesa superiore, ascrivibile cioè all'VIII secolo. Questo perché, gia nell'antichità, la struttura viene alterata. E' ampiamente funzionante nel XIII secolo, epoca a cui risale il celebre affresco della Crocifissione, databile tra il XIII e XIV secolo e che evidenzia gli echi delle influenze angioine a Salerno.